Der er i alt 7 tomme flasker Link kan samle i Majora s Mask 3D. Flaskerne kan bruges til at gemme potions, feer og andre nyttige emner til senere brug, og med tilføjelsen af en syvende flaske til genindspilningen, visse dele af spillet blevet meget lettere. Mellem de steder holdes fra det oprindelige spil og dem, der er ændret for genindspilningen, kan de være svære at finde. Her er en komplet liste over hvor man kan finde dem alle:
Empty Bottle 1:
Den første flaske kommer som en del af historien, så du får det uanset hvad. Men den måde får du flasken skifter afhængigt af dagen. Hvis det er dag 1, skal du finde Koume i skoven af Mystery i den sydlige sump. Du kan finde en skadet Koume og bliver nødt til at gå til Magic Hag Shop for at få en flaske rød potion. Lad Koume drikke potion, og du vil holde flasken. Hvis det er Dag 2 eller 3, skal du få potion fra Koutake, som vil flyve rundt i skoven af Mystery, i stedet for butikken
tom flaske 2:.
du bør gå til denne ene efter at slå Woodfall Temple - ellers er der en masse, du bliver nødt til at gentage. Gå til Swamp Tour Centre, som er den første hytte på pæle, du vil se, når du indtaster. Tal med Koume og du får til at spille en minigame hvor du skyder de mål inden for tidsfristen. Hvis du rammer 20 (bare rolig, det er ikke alt for svært), får du en flaske
tom flaske 3:.
Dette er på dag 1. Gå til Romani Ranch og er enige om at hjælpe dem med at forsvare ranchen fra udlændinge. Så kom tilbage før 02:00 på den første nat, og inden for de næste tre timer (2.30 mig - 05:15) side-quest starter, og du bliver nødt til at kæmpe off nogle udlændinge. Når det er gjort, får du din tredje flaske (fuld af lækre Romani mælk)
tom flaske 4:.
For denne ene skal du allerede har den tredje flaske og alle tre transformation masker. Gå og forsvare vogn, der rejser fra Romani Ranch til Clock Town og Cremia vil give dig Romani maske. Sæt masken på og gå til Milk Bar. Tal med Toto, bandet leder, spille sin ønskede sang. Dette vil få dig Circus Troupe maske. Nu på andendagen gå Stock Pot Inn, men ind gennem døren på taget. Iført Cirkus Troupe maske, så tal med trup Leader Gorman, der er i et af værelserne. Han vil bede om nogle Mystery Mælk. For at få det, gå til Milk Road og tale med en Gorman Brother. Så er du nødt til at gøre det tilbage i to minutter at aflevere Mystery Mælk. Din belønning vil være en tom flaske
tom flaske 5:.
Du får denne flaske, mens du opgraderer dit sværd til Razor Sword. Smeden vil bede om Gold Dust, som kan fås fra Goron Races. Hvis du kommer først i løbet, får du en flaske Gold Dust. Du burde allerede har fået adgang til Goron Races med en krudttønde på dette tidspunkt, men hvis du ikke har, de kan findes mellem Mountain Village og Goron Village, hvor rebet broer er.
tom flaske 6:
Når du har fået både Zora maske og Hookshot, hoved til Zora Cape. Du kan finde nogle træer på de højere op platforme, som du kan få adgang med Hookshot. Disse træer vil tage dig til Waterfall Rapids, hvor du vil finde en bæver. Tal med ham til race ham og hans bror. Hvis du slå dem begge, får du en flaske
tom flaske 7:.
Du får denne flaske under Anju s kvaler side-quest (også kendt som Anju og Kefei side- quest), en af de sværeste missioner i spillet, der spænder over alle tre dage, og som kræver en stor indsats. På den sidste dag, når du har fået Priority Mail fra ejeren af Curiosity Shop, gå til Milk Bar mens du bærer Romani Mask. Tal med Fru Aroma, Kefei mor, og derefter sætte Kafei Mask på og give hende til Priority Mail for at modtage en flaske Chateau Romani. Den syvende og sidste tom flaske vil være din at holde.