Ligesom i den seneste Super Mario Bros, ved afslutningen af hver verden du nødt til at stå over for en af de koopalings efter en intens slot scene. Du skal bruge en præcis strategi for at slippe af med dem, og som altid, vi er her for at hjælpe dig med at besejre alle bosserne i spillet og redde Peach nemt.
Lemmy Koopa er den første Koopaling du vil støde på, chef for Acorn Plains verden. Han bruger bomber mod Mario og bevæger sig rundt ved hjælp af sin bold. Hans projektil angreb er meget langsom og let at undgå; han bruger også bomber, der efterhånden vil få større i størrelse. Samlet denne kamp er ikke så svært: undgå hans angreb, få nogle kørende afstand og hoppe på hans hoved tre gange. En anden strategi er, at du kan koncentrere dig om at undgå alle angreb indtil han er tæt på væggen og bruge en væg hoppe at komme over ham.
Morton Koopa er den chef for den anden verden, Layer Cake Desert. Han bevæbnet med en hammer, som han bruger til at fyre projektiler på Mario. Under det meste af kampen, du bliver nødt til at være forsigtig i at undgå de Pokeys: han vil bruge hammeren til at kaste dem på dig. Det er ikke så svært at undgå dem: de kan blive lanceret i en lige linje eller i en bue, men står på kanten af platformen vil give dig masser af plads til at manøvrere. At angribe Morton du bliver nødt til at vente, indtil han har lanceret hele Pokey at kunne nå Morton med et spring. Du kan endda tage en risiko og vente, indtil den sidste er overladt til at spare lidt tid, selv om det ikke er virkelig brug for, bare have en smule tålmodighed, og du vil blive okay.
Larry Koopa er chef for World 3, glitrende vand og han formodes at være den yngste af Koopalings. Denne boss kamp er temmelig ligetil: blot undgå projektiler og hoppe på hans hoved tre gange. De eneste variationer i løbet af kampen er placeringen af vand spirer: Hvis du er hurtig nok, kan du få overtaget jorden og se Larry håbløst flytte under dig, venter på at blive trampede på hans hoved. Dette er nok den nemmeste boss kamp i spillet.